El año 1961 la Universidad de Chile se instala en la ciudad de La Serena. Todo se inicia con la instauración del Colegio Universitario Regional, que comenzó a impartir carreras de pedagogía en especialidades humanistas y científicas. Dos años más tarde, este colegio se convierte en el Centro Universitario y en 1971 adquiere la categoría de sede de la Universidad de Chile. A principios del año 1974 la Escuela Normal de Preceptoras es traspasada a la sede regional de la Universidad de Chile y finalmente el año 1981 las ex sedes regionales de la Universidad Técnica del Estado y de la Universidad de Chile se fusionan dando origen a la Universidad de La Serena.

Entre los años 1980 y 1990, la Universidad de la Serena sirve como centro de resistencia social y cultural donde se forjan organizaciones de apoyo a los presos políticos y comienza el trabajo de organizar y sacar a la calle la protesta social.